Pracownie

Można u mnie zrealizować ćwiczenia na następujących pracowniach:

Studia I stopnia:

• Indywidualna pracownia biofizyczna (45h).
  Przykładowe ćwiczenia:
  1: Przygotowanie wybranego układu biomolekularnego i uruchomienie krótkiej dynamiki molekularnej.
  2: Klasyczne dokowanie molekularne serii inhibitorów do miejsca aktywnego wybranego enzymu z analizą wyników.
  3: Kowalencyjne dokowanie molekularne serii inhibitorów do miejsca aktywnego wybranego enzymu z analizą wyników.
  4: Analiza symulacji dynamiki molekularnej enzymu z inhibitorem.

Studia II stopnia (po polsku/angielsku):

• Pracownia fizyczna II stopnia A lub B (45h)
  Przykładowe ćwiczenie: Modelowanie białka bakteryjnego FabG (potencjalnego celu dla leków) w konformacji po związaniu inhibitora allosterycznego metodą nierównowwagową i badanie propagacji zaburzeń w jego strukturze.
• Pracownia biofizyki doświadczalnej (120h)
  Przykładowe ćwiczenie:
  1. Przeprowadzenie dwóch symulacji białka bakteryjnego FabG (potencjalnego celu dla leków) metodą nierównowagową i porównanie propagacji zaburzeń w tych strukturach.
  2. Klasyczne dokowanie molekularne serii inhibitorów do miejsca aktywnego wybranego enzymu, przeprowadzenie symulacji dynamiki molekularnej dla wybranego układu i szczegółowa analiza wyników.
• Workshop on computer modeling (105h)
  Przykładowe ćwiczenie: Zadanie programistyczne polegające na utworzeniu programu do analizy struktur białkowych. (zadanie doprecyzowane po zgłoszeniu się studenta)

Prace licencjackie i magisterskie