Jak zbudowane są biakła?
Białka zbudowane są z aminokwasów połączonych ze sobą wiązaniami peptydowymi CONH. Mówiąc inaczej, białko, to sznurek aminokwasów; szkieletem tego sznurka (ang. backbone) jest sekwencja ..NCCNCCNCC... Motyw NCC (czyli atom azotu, atom węgla, atom węgla) powtarza się tyle razy, ile aminokwasów jest w białku. Atom azotu, to grupa aminowa (do niej dołączony jest jeszcze ,,w bok'' atom wodoru), pierwszy atom węgla za azotem, to tzw węgiel alfa, czyli atom węgla, do którego dołączona jest grupa boczna aminokwasu i atom wodoru, drugi atom węgla to węgiel karbonylowy, czyli węgiel z grupy karboksylowej.
Jeżeli motywem powtarzającym się wzdłuż łańcucha polipeptydowego jest NCCNCC, to można zdefiniować dla każdego aminokwasu wchodzącego w skład łańcucha trzy kąty wyznaczające konformację, czyli strukturę �przestrzenną łańcucha. Są to:
- kąt omega, czyli kąt określający obrót wokół wiązania peptydowego
- kąt psi, czyli kąt obrotu wokół wiązania CC
- kąt phi, czyli kąt obrotu wokół wiązania CN
Wiązanie peptydowe ma charakter wiązania podwójnego, czyli obroty wokół tego wiązania nie są możliwe. Kąt omega jest równy 180 stopni dla wszystkich aminokwas� w łańcuchu białkowym.
Kąty psi i phi te nie mogą być zupełnie dowolne. Odpowiednie wartości przedstawione są na wykresie Ramachandrana.
Jedynym aminokwasem, który nie jest ograniczony wartościami kątów phi i psi jest glicyna, ze względu na to, że jej łańcuch boczny to po prostu atom wodoru.