Seminarium Zakładu Biofizyki

W badaniach struktury białek metodami spektroskopii magnetycznego rezonansu jądrowego (NMR) szczególnie ważne jest uzyskanie informacji odnoszących się do wchodzących w obręb tzw. rdzenia hydrofobowego białka łańcuchów bocznych aminokwasów aromatycznych oraz hydrofobowych alifatycznych. Ponieważ reszty boczne różnych typów aminokwasów różnią się strukturą chemiczną, wykonanie dla nich przypisania przesunięć chemicznych jest zagadnienie złożonym i brak jest uniwersalnej metodologii umożliwiającej wykonanie takiego przypisania. W prezentacji zostaną krótko scharakteryzowane sposoby przypisywania zarówno alifatycznych, jak i aromatycznych grup bocznych białek wraz z wykorzystywanymi do tego celu eksperymentami. Przedstawione zostaną także propozycje zmodyfikowanych eksperymentów, które powinny się cechować zwiększonym zakresem stosowalności.

Data pertaining to the aromatic and hydrophobic aliphatic amino-acid side-chains is of particular importance in the study of protein structure using nuclear magnetic resonance (NMR) spectroscopy. As the side-chains of different types of amino-acids vary in chemical structure, finding their resonance assignment is a complex task and there is no generally applicable methodology. During the talk a short description will be given of the methods used to complete such the assignments for both aromatic and aliphatic amino-acids as well as the experiments employed. Several propositions of modified experiments will also be presented, which should exhibit increased applicability.