Seminarium Zakładu Biofizyki

Przedstawiony zostanie nowo opracowany algorytm służący do identyfikacji części układów (bio)molekularnych, które poprzez wzajemne oddziaływania wpływają na dynamikę badanego układu, ,,przesuwając'' go wzdłuż zadanej współrzędnej reakcji. Uzyskana w ten sposób wiedza pozwala lepiej zrozumieć zachowanie maszyn molekularnych, których funkcja wymaga znaczących zmian strukturalnych, tzw. ,,przejść'' między stanami meta-stabilnymi. Słuchacze zapoznają się z metodą, wynikami uzyskanymi dla prostej, 11-atomowej cząsteczki oraz zaletami i wadami nowego podejścia, a także możliwościami aplikacyjnymi.

A newly developed algorithm will be presented for identifying parts of the (bio)molecular systems, which utilize intramolecular interactions to direct the dynamics of the studied system, "pushing" it along a given reaction coordinate. The algorithm provides an insight that may prove helpful in understanding the mechanics of molecular machines which, in order to work, need to undergo structural transitions between their meta-stable states. The participants will acquainted with the method, the results for a simple, 11-atomic molecule, and the advantages and disadvantages of the new approach, as well as its possible applications.