Seminarium Zakładu Biofizyki

Spektroskopia NMR jest główną metodą badania dynamiki i resztkowej struktury białek natywnie nieustrukturyzowanych (IDPs, intrinsically disordered proteins). Znaczna dynamika konformacyjna IDPs skutkuje małą dyspersją przesunięć chemicznych i wymusza rejestrację widm o wysokiej wymiarowości i rozdzielczości. Przestawiona zostanie metodologia pomiarów, opracowana w grupie prof. Wiktora Koźmińskiego (Wydział Chemii UW), oparta na losowym i rzadkim próbkowaniu przestrzeni czasów ewolucji wraz z algorytmem „czyszczenia” otrzymanych widm i przykładowym zastosowaniem eksperymentów 4D i 5D do wykonania przypisania przesunięć chemicznych dla nieustrukturyzowanego białka opiekuńczego ERD14 z Arabidopsis thaliana.

NMR spectroscopy is the premier method for the investigation of dynamics and residual structure of intrinsically disordered proteins (IDPs). The rapid conformational dynamics that characterize IDPs necessitate the acquisition of spectra of high dimensionality and resolution. The talk will cover the methodology developed in the group of Prof. Wiktor Koźmiński (Faculty of Chemistry UW), based upon sparse and random sampling of the space of the evolution time together with a spectra “cleaning” algorithm. The application of 4D and 5D experiments to the resonance assignment of unstructured chaperone ERD14 from Arabidopsis thaliana will serve as the lead example.