Seminarium Zakładu Biofizyki

Wszytkie biomolekuły dynamicznie wymieniają protony z otoczeniem, jednak w standardowych symulacjach dynamiki molekularnej stan protonacyjny wszystkich residuów miareczkowalnych jest przyjęty jako stały w czasie. W czasie seminarium zostanie zaprezentowany projekt metody, która uwzględnia zmiany w stanach protonacyjnych podczas dynamiki molekularnej. Wyniki standardowej MD oraz nowej metody zostaną porównane na przykładzie ludzkiej fosforybozyltransferazy oraz analogicznego enzymu pochodzącego z pasożyta T. foetus. Zostanie przedstawiona dyskusja problemów metodologicznych na jakie napotyka tego typu symulacja.

All biomolecules dynamically exchange protons with their environment but nevertheless standard Molecular Dynamic keeps protonation state of the titratable residues fixed in time. During seminar a project of the method which takes into account changes in the protonation states during MD will be presented. Results of this method and of the standard MD will be compared for human and parasite (T. foetus) phosphorybosyltransferase. The known drawbacks of the presented method and ideas for its future improvement will be presented.