On the 25th of January 2018, at 10:15 a.m.
Joanna Sułkowska (ILBSM, Warszawa)
will give a talk on
"Klasyfikacja i krajobraz energetyczny zapętlonych białek: węzły, lassa oraz sploty"
Abstract
Białka są fundamentalnymi składnikami żywych organizmów. Zrozumienie molekularnych podstaw funkcjonowania białek wymaga poznania ich struktury i dynamiki, a także związków struktury z dynamiką. Bardzo ważną metodą badania takich zagadnień jest analiza krajobrazu energii swobodnej. Struktura około 91% poznanych białek jest jednoznacznie określona przez ich
pierwszorzędową, drugorzędową i trzeciorzędową formę, a krajobraz energii swobodnej z dużym powodzeniem może być wyznaczony doświadczalnie oraz teoretycznie (np. w symulacjach
komputerowych). Jednakże badania ostatnich lat, w znacznej mierze także moje, pokazują, iż
pozostałe 9% białek posiada nietrywialną topologię (tzn. są zapętlone): 1.5% takich białek posiada węzły oraz slipknoty, 5.5% lassa, natomiast 2% sploty. Standardowy opis konfiguracji przestrzennej
(uwzględniający pierwszo-, drugo- i trzeciorzędową strukturę) takich zapętlonych białek okazuje się niewystarczający, a różne dotychczas wypracowane narzędzia i teorie wymagają istotnych modyfikacji i uwzględnienia istnienia nietrywialnej topologii.
Podczas mojego wykładu przedstawię opracowane metody do wyznaczenia nietrywialnych topologii na obiektach otwartych czyli białkach [1,2]. Podam kilka przykładów znaczenia nietrywialnych topologii dla funkcji biologicznej białek [3].
1.Topological knots and links in proteins, P. Dąbrowski-Tumański, J.I. Sułkowska
PNAS (2017): doi: 10.1073/pnas.1615862114
2. Conservation of complex knotting and slipknotting patterns in proteins, J.I. Sułkowska et al.,
PNAS (USA), (2012) 109(26): E1715-23.
3. Methyl Transfer by Substrate Signaling from a Knotted Protein Fold, T. Christian et al.
Nature Structural & Molecular Biology (2016) 23: 941-948.
The seminar takes place on Thursdays from 10:15 a.m. to 12:00
in the room 2.23 of the main building of the Faculty of Physics (the 2nd floor), Pasteur Str. 5,
Warszawa.
Additional information can be found on the webpage
http://oldwww.fuw.edu.pl/KMMF/sem.czw.przedp.html.
|